По умолчанию COM-порты не мапируются в RDS Windows server 2016/2012.
Это можно исправить через PowerShell.
Для начала необходимо загрузить модуль RemoteDesktop иначе следующий командлет не будет распознан.
import-module RemoteDesktop
Далее изменяем конфигурация нужно коллекции по умолчанию:
Set-RDSessionCollectionConfiguration -CollectionName <Имя коллекции> -CustomRDPProperty "redirectcomports:i:1"
На этом все.